Niujorkas išgyvena slogius laikus. Piktadarys Šrėderis geležine ranka valdo visą miestą – pradedant korumpuota policija, baigiant dar korumpuotesnias politikais. Saugumo jausmą seniai užmiršę miestiečiai įbauginti ir praradę viltį. Tačiau vieną dieną kažkas pasikeičia. Tai...
Leonardo, Rafaelis, Mikelandželo, Donatelo! Jaunieji vėžliukai tapo nenugalima žalioji kovos mašina. Jų metas atėjo! Visame pasaulyje vaikų mylima drąsioji ketveriukė, pilna neišsenkančios energijos, vyksta į nuotykių kupiną kelionę, kovodami su nenaudėliais ir visokio plauko...
Vežliukai nindzės keliauja gelbėti savo draugės Eipril ir atsiduria... senovės Japonijoje. Čia jie patenka į sukilėlių rankas. Mat XVII amžiuje Japonijoje vyksta sukilimas prieš imperatorių.
Po pergalės prieš Šrederį vėžliukai išsibarstė po visą pasaulį. Tačiau Niujorke bręsta naujas pavojus – pramonininkas Maksas Vintersas surinko senovinių monstrų-karių armiją. Pasauliui gresia rimtas pavojus. Vieninteliai, kas gali jį išgelbėti – vėžliukai nindzės.
Niujorko požemių gyventojai vėžliukai nindzės turi stebuklingos medžiagos, nuo kurios galima virsti mutantu. Kai piktasis Šrederis sužino apie tokią medžiagą, vėžliukams nindzėms ir vėl tenka stoti į mūšį ir išgelbėti pasaulį.
