Antrojoje „Matricos“ trilogijos dalyje visagalės mašinos sužino paskutinio žmonių miesto Ziono dislokacijos vietą. Kompiuteriai ketina iškasti tunelį Žemės šerdies link ir pasiųsti juo menkiausią judesį užfiksuojančius robotus-kamikadzes sentinelus, kurie sprogsta ir sunaikina...
Apleistame Niujorko daugiabutyje gyvena maištinga paauglė Šarlotė. Ją „užkniso“ visas pasaulis, ypač tėvai, kurie dabar visai neturi jai laiko ir visą dėmesį skiria, ką tik gimusiam kūdikiui. Vieninteliai dalykai, kurie Šarlotei dar suteikia laimės, tai komiksai ir visokie maži...
Paskutinėje „Matricos“ trilogijos dalyje karas tarp žmonijos ir mašinų pasiekia kulminaciją: Ziono armija, padedama drąsių civilių savanorių, desperatiškai bando atsilaikyti prieš sentinelų invaziją. Zioniečių rankose – visos žmonijos ateitis. Tuo metu Neo laukia lemiamas...
